A Microsoft Research começou a trabalhar na implementação de seu próprio banco de dados baseado em grafos (Graph Database), chamado Trinity. Esse tipo de banco de dados tem como característica o armazenamento de dados em vértices e arestas ao invés de linhas e colunas. Isso torna os Graph Databases particularmente eficientes para trabalhar com dados desconectados ou conectados arbitrariamente. Os usos potenciais incluem, por exemplo, redes sociais, recomendações de filmes e busca de produtos relacionados, entre outras possibilidades.
O Trinity foi projetado para trabalhar com uma estrutura de hipergrafo. Ao contrário de um banco de dados baseado em um grafo normal, no qual uma aresta conecta sempre dois vértices, em um hipergrafo uma aresta pode conectar múltiplos vértices. Dessa forma é possível agrupar conjuntos de informações relacionadas, tais como o perfil de um usuário ou o conteúdo de uma página web. Tanto os vértices como as arestas podem armazenar dados heterogêneos no formato de pares chave-valor.
Há diversos outros projetos de banco de dados baseados em grafos, tanto proprietários como de código aberto, incluindo GraphDB, InfiniteGraph, HypergraphDB e Neo4j.